Para o monitoramento das águas costeiras foram selecionadas áreas que apresentassem impactos derivados do uso ou que requeressem certo nível de qualidade para um uso específico. Essas áreas abrangem águas empregadas para alguma atividade específica ou influenciadas pelos usos mais comuns no litoral do Estado como: ocupação urbana com geração de esgoto doméstico, marinas, atividades portuárias e a maricultura. As áreas avaliadas estão apresentadas na tabela a seguir:
Rede de Monitoramento:
| Município | Área de amostragem |
| Litoral Norte | |
| Ubatuba | Picinguaba |
| Baía de Itaguá | |
| Saco da Ribeira | |
| Caraguatatuba | Baía de Caraguatatuba |
| Tabatinga | |
| Cocanha | |
| São Sebastião | Canal de São Sebastião |
| Área de influência do Rio Una | |
| Baixada Santista | |
| Bertioga | Área de influência do Rio Itaguaré |
| Canal de Bertioga | |
| Guarujá | Área de influência do Emissário do Guarujá |
| Santos | Área de influência do Emissário de Santos |
| Canal de Santos | |
| São Vicente | Canal de São Vicente |
| Praia Grande | Área de influência do Emissário Praia Grande I |
| Itanhaém | Área de influência do Rio Itanhaém |
| Peruíbe | Área de influência do Rio Peruíbe |
| Litoral Sul | |
| Iguape/Ilha Comprida | Mar Pequeno |
| Cananéia | Mar de Cananéia |