A atividade laboratorial é uma das mais antigas na CETESB. A Lei Estadual no 10.107, de 08 de maio de 1968, que criou o FESB (Fundo Estadual de saneamento Básico), estabeleceu no seu Artigo 18 a constituição de um centro de estudos, pesquisas, ensaios e exames, levantamento e treinamento de pessoal no campo da engenharia sanitária, através da unificação dos laboratórios pertencentes ou vinculados à Secretaria dos Serviços e Obras Públicas. Este novo Centro foi instalado em um edifício junto à Estação de Tratamento de Esgoto de Pinheiros, com uma área útil de 1.750 m2 e já contava com um Setor de Laboratórios, responsável pela realização de exames e análises de águas de abastecimento e residuárias e pelo controle da qualidade dessas águas em todo o Estado de São Paulo, através de coletas, análises, ensaios e interpretação de resultados. Foi nesta época que os Laboratórios da CETESB foram criados, inicialmente desenvolvendo análises de rotina para atender à legislação vigente.
Nesses mais de 40 anos de Companhia, os laboratórios cresceram na sede e se expandiram para o interior acompanhando a importância crescente das questões ambientais e ampliando a capacidade do Estado em atuar de forma mais efetiva no controle da poluição e diagnóstico da qualidade do meio.
