Um dos principais problemas que prejudicam esta distinção é o uso de métodos de amostragem deficientes (CONNELL, 1972). KREBS (1989) e GREEN (1979) apresentam uma série de princípios a serem levados em conta para que se tenha um desenho amostral eficiente no sentido de minimizar a interferência da amostragem.
Ressalta-se que a falta de dados de base “a priori” sobre a estrutura e função dos ecossistemas dificulta a quantificação dos danos gerados pelos derrames de óleo.