São monitoradas, com frequência semestral, as águas de mais de 170 poços e nascentes dos diversos aqüíferos do Estado, distribuídos ainda nas diversas UGRHIs – Unidades de Gerenciamento de Recursos Hídricos do Estado. São analisados 40 parâmetros físicos, químicos e biológicos dessas águas, sendo que na Bacia do Alto Tietê – UGRHI 6 e no município de Paulínia são também monitorados substâncias tóxicas orgânicas.
A Rede de Monitoramento da Qualidade das Águas Subterrâneas abrange os Aqüíferos Guarani, Bauru, Serra Geral, São Paulo, Taubaté, Tubarão e Pré-Cambriano e a distribuição dos pontos de monitoramento pode ser visualizada na figura abaixo.